Né en France, André Engel a étudié puis enseigné la philosophie.
Il fait ses débuts de metteur en scène en 1972, dans le cadre du Théâtre de l'Espérance, associé à Jean-Pierre Vincent, avant de développer ses activités au sein du Théâtre National de Strasbourg. A partir de 1982, il mène une carrière de metteur en scène indépendant.
Son répertoire ne se limite pas aux textes théâtraux. Il croise les écrits classiques et contemporains et s'attache à parcourir des sentiers inexplorés. Il déplace le terrain du spectacle hors des théâtres dans des lieux insolites : hangar, haras, hôtel, mine de fer - par exemple dans Dell'inferno, spectacle donné tout d'abord dans une usine désaffectée de la Plaine Saint-Denis en collaboration avec le Théâtre Gérard Philipe en 1982. Il fonde en 1988 le Centre Bilatéral de Création Théâtrale et Cinématographique, financé par le ministère de la Culture et de la Communication, qui lui permet de coproduire la plupart de ses spectacles.
Il met en scène entre autres Lulu au Bataclan, d'après Wedekind (Bataclan, Théâtre des Amandiers, 1983), Venise sauvée, d'après Hugo von Hofmannsthal (Maison de la Culture du Havre, Festival d'Avignon, Maison de la culture de Bobigny, 1986), La nuit des chasseurs, d'après Woyzeck de Büchner (Théâtre National de la Colline, 1988), Le livre de Job, d'après la Bible (Théâtre National de Chaillot, 1989), Le Réformateur du monde de Thomas Bernhard (Centre Bilatéral de création, Maison de la Culture de Bobigny, 1990-1991), Légendes de la forêt viennoise d'Odön von Horvath (Maison de la Culture de Bobigny, 1992, spectacle nominé aux Molières 1993 pour la meilleure mise en scène), Le Baladin du monde occidental de Synge (Odéon-Théâtre de l'Europe, 1995).
De 1996 à 2004, il est directeur artistique du Centre Dramatique National de Savoie, structure qui a pour particularité de ne pas disposer d’une salle propre, et mène une politique de soutien à la création en partenariat avec les Scènes Nationales d’Annecy et Chambéry. Dans ce cadre, il crée Leonce et Lena de Büchner (spectacle créé à la rentrée 2001 à l'Odéon-Théâtre de l'Europe qui valut à Eric Elmosnino, dans le rôle de Valério, le Molière de la révélation théâtrale), et plus récemment Papa doit manger, de Marie Ndiaye, créé à la Comédie-Française en 2003, et enfin, toujours à l’Odéon, Le Jugement dernier d’Odön von Horvath (2003, reprise en 2004 : prix du meilleur spectacle décerné par le Syndicat de la critique dramatique).
Lorsque l'aventure du CDNS s'achève, Georges Lavaudant lui propose de rejoindre l'Odéon en tant qu'artiste associé. Dans ce cadre, il monte Le Roi Lear aux Ateliers Berthier en 2006. Cette collaboration prend fin avec la création de La Petite Catherine de Heilbronn en janvier 2008.
André Engel poursuit par ailleurs sa carrière de metteur en scène d'opéra, dont les jalons les plus récents comptent Don Giovanni (Opéra de Lausanne, 1996, reprise au Théâtre des Champs Elysées en 2006), Siegfried (Scala de Milan, 1997), Der Freischütz (Opéra du Rhin, 1999), The Rake's Progress (Opéra de Lausanne, 1999 ; Théâtre des Champs-Elysées, 2001), La petite Renarde rusée de Janacek (Opéra de Lyon, 2000 ; Théâtre des Champs-Elysées, 2002), K, d'après Le Procès de Kafka, de Philippe Manoury (Opéra National de Paris ; reprise en avril-mai 2003). Il reprend en 2008 à l’Opéra de Paris Cardillac de Paul Hindemith, créé en 2005, et Louise de Gustave Charpentier, créé en mars 2007.
André Engel a reçu en février 1993 le prix Dominique, décerné par un jury composé de personnalités du théâtre.
A l'Odéon :
Le Baladin du monde occidental de John Millington Synge, 1995
Leonce et Lena de Georg Büchner, 2001
Le Jugement dernier, de Odon von Horvath, 2003 et reprise 2004
Le Roi Lear, de William Shakespeare, 2006 et reprise 2007
La Petite Catherine de Heilbronn, de Heinrich von Kleist, 2008 et reprise 2010.